Reinhard Hardegen begann seine Marinelaufbahn im April 1933. Er besuchte die Marineschule Mürwik und nahm an Lehrgängen an der Torpedoschule und einem für U-Bootabwehr teil. Nach fast drei Dienstjahren, meldete sich Hardegen zu den Marinefliegern, wo er zuerst zum Beobachter und später zum Flieger ausgebildet wurde. Hardegens Laufbahn wurde fast beendet, als er bei dem Absturz einer Junkers W34 in der er als Passagier saß, schwer verletzt wurde. Nach sechsmonatiger Genesungszeit, bei der keine vollkommene Gesundung erreicht werden konnte (verkürztes rechtes Bein u. chronisches Magenbluten), wobei ihm bei den verschiedenen Eignungstests stets eine Verschleierung seines Zustandes gelang, wurde er bis Oktober 1939 Nachrichtenoffizier und Kompaniechef auf dem Seefliegerhorst Kamp (Pommern). Während des Polenfeldzuges führte er von dort aus Aufklärungsflüge durch. Im November 1939 folgte seine Kommandierung zur U-Bootwaffe wo er bis Juni 1940 an der U-Bootausbildung und ab Juli 1940 am Kommandantenlehrgang der 25. U-Flottille teilnahm. Danach wurde Hardegen als 1WO und Kommandantenschüler auf U-124 versetzt und nahm an einer Feindfahrt teil. Nach seiner Beförderung zum Kapitänleutnant übernahm er U-147 (Typ: IID) als Kommandant und versenkte bei seiner ersten selbstständigen Feindfahrt das norwegische Schiff Augvald (4.811 BRT). Im Mai 1941 wurde Hardegen nach Lorient (Frankreich) versetzt, wo er das Kommando des bereits erfahrenen Frontbootes U-123 (Typ: IXB) von Karl-Heinz Moehle übernahm.

Im Laufe des Sommers 1941 führte Hardegen zwei Feindfahrten nach Westafrika und Neufundland durch bei denen er 5 Schiffe mit 21.507 BRT versenkte. Im Dezember 1941 gehörte U-123 unter Hardegen zu den Booten die mit der Operation „Paukenschlag“ den Angriff der U-Boote auf die Vereinigten Staaten an ihrer Ostküste eröffnen sollten. Bei seiner Anfahrt gelang es Hardegen, trotz Verbot den Angriff vor dem 13.01.1942 zu eröffnen, am 12.01 bereits den britischen Frachter „Cyclops“ zu versenken. Hardegen näherte sich New York bis die Mannschaft den Lichtschein der Stadt am Himmel sehen konnte (Angaben U-123 hätte sich bis auf Sichtweite der Stadt genähert sind falsch). In den folgenden Tagen und auf der Rückfahrt zum Stützpunkt gelang es Hardegen 10 Schiffe mit 66.135 BRT zu versenken. Noch auf See erhielt Hardegen einen Funkspruch vom BdU: