Nach der Wiedereinführung der Wehrpflicht folgte umgehend der Aufbau der neugeschaffenen Luftwaffe. Ihre Kommandostruktur wurde geteilt in Luftgaue, die territorial im Reichsgebiet, ähnlich den Wehrkreisen beim Heer, für alle Aufgaben der Verwaltung, Logistik und Ausbildung zuständig waren. Die operative Führung unterlag wiederum den Luftflottenkommandos bzw. den Luftflotten. Diesen Kommandostellen unterstanden die Fliegerdivisionen bzw. Fliegerkorps, die die fliegenden Verbände im Einsatz führten.

Die Stärke der einzelnen Luftflotten schwankte je nach taktischen Erfordernissen zwischen 200 - 1300 Maschinen. Hinzu kamen im Verlauf des Krieges noch örtliche Kommandostellen wie z.B. der Fliegerführer Atlantik oder auch der Fliegerführer Afrika.