Über den militärischen Werdegang von Ernst Manske während des Zweiten Weltkrieges ist leider nur sehr wenig bekannt. Nach seiner fliegerischen Ausbildung war Manske als Bordfunker und Bordschütze auf verschiedenen Flugzeugmustern im Rahmen der Wettererkundungsstaffel 1./Ob. d. Luftwaffe im Einsatz.

Diese flog u. a. vom norwegischen Flugplatz Stavanger-Sola Aufklärungs- und Wetterflüge in der Nordsee und im Eismeer. Bei diesen Einsätzen konnten diverse Geleitzüge bzw. Sicherungsstreitkräfte wie z. B. Flugzeugträger und Kreuzer gesichtet und gemeldet werden. Diese konnten dann im weiteren Verlauf erfolgreich bekämpft werden.

Hierbei absolvierte Oberfeldwebel Ernst Manske insgesamt 261 Feind- sowie 528 Frontflüge.